Struktur Organisasi Perangkat Kelurahan Kutowinangun Kidul dalam Peraturan Daerah Nomor 12 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan Kota Salatiga dan Peraturan Walikota Salatiga Nomor 51 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan. Berdasarkan Perda dan Perwali tersebut, struktur organisasi di Kelurahan Kutowinangun Kidul sebagai berikut :
- Lurah : Rayadi, SE
- Sekretaris : Abraham Tri Prasetyo, SSTP, MM
- Kasi Pemtrantibum : Sugiyartono, SE
- Kasi Ekbang : Tulistiyowati Harjanti, SH
- Kasi Sospermas : Aru Hidriani, SH
- Fungsional Tertentu : Diah Ariani Rahayu, A.Md
- Fungsional Umum : Budi Lelana
- Fungsional Umum : Edie Hariyanto